康熙十二年，清廷撤藩，吴三桂起兵造反。对此，陈圆圆是极不赞成的。她对吴说：“人生在世，不过数十年，何必称王称霸，争城夺地，涂炭生灵?我为王爷着想，不若自卸兵权，做个范蠡大夫，泛舟五湖，怎不快活?”吴说：“这是妇人之见。”陈圆圆知道已无可挽回，便说：“我侍候大王已有二三十年，时间不能算不久，长此奢华，恐遭天忌，请允许我削发为尼吧。”经过反复商量，吴三桂终于答应了她的要求。

于是陈圆圆移居昆明宏觉寺，出家做了尼姑，改名“寂静”，号“玉庵”，诵经念佛，日夜不辍。吴三桂反清，陈圆圆认为时机尚未成熟，估计此行必败，定有大难临头。于是陈圆圆暗地里不断迁居于昆明近郊多个寺庵，茹素吃斋，一般人不知道她真身究竟在何处。

吴三桂死后，周军形势急转直下，吴氏政权危机重重，吴氏家族，再次面临深重灾难。此时，陈圆圆在寺庵里感知到了灾难临近，担心养儿吴应麒及其孙子的安危，再也不能安心礼佛，于是“留影一帖而去!”

陈圆圆究竟去了哪里？直到三百多年后的上世纪80年代，“陈圆圆”才在岑巩县马家寨狮子山脚的绣球凸上浮现“真容”。

原来，陈圆圆出家是出于长远之计，她早已预计吴三桂起事失败。她在寺庵出家，避开世人眼目，是为后来隐身马家寨做准备的。

清康熙二十年(1681)十月，昆明城破，吴世璠、郭壮图等吴周政权核心成员纷纷自杀或逃亡。随后，清廷下令搜捕吴周残余，意欲斩草除根。

面对血雨腥风的围追清剿，陈圆圆指示吴家子孙及其护卫全部脱下戎装，穿上民服，改名换姓，融入民间。

陈圆圆将自己改名为“莲莲”，吴应麒改名为“启华”，吴三桂的两个孙子改名为“仕龙”和“仕杰”等等。将周边哨所全部改成村寨，将卫兵乔装成普通农民，购买山场土地，从事农业生产。

为安全起见，她四处活动，俯下身子，遵从当地民俗，先是前往马家寨五里远的大树林陈家结亲，认大树林陈姓为“娘家”，带着吴氏子孙到周边的吴家湾认“族家”。得到周边少数民族群众认可后，陈圆圆广施善缘，如修桥铺路，修缮庵堂寺庙，开办学堂，救灾救难等等，无偿为周边群众做了不少好事，得到群众的支持拥护，把陈圆圆一家看成了“本地人”。

为确保吴三桂子孙后代的绝对安全，她将长孙吴仕龙就近剃度出家，以防将来吴仕杰有什么意外，好还俗“延续香火”。

康熙二十四年(1685)，清廷追杀吴氏的风声渐小，陈圆圆、吴应麒带领吴氏全家走出搭茅洞原始森林，搬迁到狮子山下营建寨子安居，以九宫八卦阵布局，置江南民居四合院数十幢，寨子出入各有一道寨门，寨中大小宽窄一致巷道若干，迂回盘绕，形同迷宫，令外人望而生畏，不敢轻易闯入。为了安全藏身起见，也为了纪念“马军师”(马宝)的护佑之恩，陈圆圆将寨子起名“马家寨”。

在严峻险恶的环境中，马家寨子孙一度产生绝望和消极的情结，陈圆圆为了激励吴氏子孙，亲自给吴氏排了字辈：应启仕大朝廷世宗勋名永能兴国继可裕坤。按照寨史秘传人的说法是，陈圆圆要求吴家子孙在强大的清朝势力面前，不再生打硬拼，直接对抗，要改变策略，从长计议。她激励吴家子孙，要卧薪尝胆，发奋图强，获取功名，大胆去清廷做官，一方面可以建立功勋，一方面可以振兴家国，这样才能继承吴三桂遗志，重新掌控乾坤，完成吴周大业，让子孙后代永享太平。秘传人说，陈圆圆排的这十八个字辈，是要求吴家子孙“十八好汉转杰”，就是马家寨吴家发展到第十八辈人后，要“重坐天下!”

陈圆圆晚年出家和将思州作为藏身之地都与归隐乡梓的郑逢元有关。郑逢元是思州府平溪卫(今岑巩县大有镇茂隆村)人，官至兵部尚书，明朝灭亡后，在昆明宝台山出家，晚年归隐茂隆老家老事老母，直至去世。

原来，郑逢元与吴三桂是挚友，吴三桂曾力劝郑逢元出仕清朝，被坚决拒绝。陈圆圆在昆明出家时，与郑逢元有过往来，对思州府的情况大多来源于郑逢元的介绍。

明末清初，思州府水陆交通便捷，是进退湘黔的锁咽之地，尤其是当地佛教盛行，有建于初唐的鳌山寺，围绕鳌山寺周围还建有四大脚庵，还有大小寺庵几十座。鳌山寺周边到处是郁郁葱葱的原始森林，龙鳌河从鳌山脚下汇入舞阳河，直奔沅江、洞庭。湘黔滇主干道从鳌山附近穿过。种种有利条件，使陈圆圆有底气选择了这块天造地设的藏身之地。

陈圆圆先后在思州府的地安寺和天安寺出家，直至康熙二十八年(1689)病逝，享年67岁。

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