在文化大革命结束后，历史发生了重大变局，得到了邓小平等党和国家领导人的支持，胡耀邦组织并领导了规模空前的平反冤假错案。
仅“文化大革命”十年动乱，全国被立案审查的干部就有230多万人。能否打碎这个枷锁，为千百万无辜遭受迫害的干部平反昭雪，恢复名誉，实现党的组织路线的拨乱反正，是粉碎“四人帮”后一项极为迫切的任务，也是广大干部群众最为关切的首要问题。
对于平反冤假错案，邓小平和胡耀邦态度都很坚决。1975年邓小平在领导全面整顿时，就雷厉风行地领导了平反冤假错案与落实干部政策工作。而胡耀邦在粉碎“四人帮”后不久托人给叶剑英和华国锋捎口信所提的三条建言中，第二条就是“冤狱一理，人心大喜”。1977年3月他任中央党校副校长时，就在中央党校领导开展平反冤假错案的工作。
从1977年夏天起的两年多时间里，中央党校对多年积累下来的163个冤假错案和1358人（包括当年的学员）的问题进行了复查、平反，并作了善后处理。这项工作进行得坚决、迅速和彻底，在全党全国起了示范作用。
胡耀邦积极平反冤假错案，是与邓小平等人的领导和坚定支持分不开的。1977年2月，邓小平率先批评“两个凡是”，为平反冤假错案开始扫除政治障碍。同年3月14日，尚未复出的邓小平同刚履新中央党校副校长、前来看望的胡耀邦谈话，就粉碎“四人帮”后应该抓紧落实干部政策、平反冤假错案问题交换意见。
胡耀邦回到中央党校后，立即布置中央党校的杨逢春、叶扬、陈中等撰写《把“四人帮”颠倒了的干部路线是非纠正过来》的文章。这篇文章，胡耀邦字斟句酌地作了很多修改，并和这些同志一起陆续修改了17次才定稿。文章批评有些管干部工作的负责人很不得力，呼吁各级组织部门“要敢于冲破阻力，一切强加给干部的污蔑不实之词一定要推倒，颠倒的干部路线是非一定要纠正。
”胡耀邦在组织该文时，邓小平已于7月17日在党的十届三中全会上恢复党政军职务。这对胡耀邦是很大的支持。文章10月7日在《人民日报》发表，在社会上引起强烈反响，吹响了平反冤假错案的第一声号角。
平反冤假错案，中央组织部是关键部门。其时，中组部部长郭玉峰对平反冤假错案、落实干部政策持消极抵触态度。在他的把持下，中组部变成了门难进、脸难看、话难听、事难办的“官衙门”，平反冤假错案、落实干部政策的工作进展得十分缓慢。有的老同志到中央组织部去申诉冤情，甚至被拒之门外。
中组部的几位老同志通过人民日报社向中央政治局常委反映郭玉峰的问题。1977年10月17日，邓小平在报告上批示：“郭玉峰同志的错误是不小的，建议调离中组部。”郭玉峰去职后，叶剑英在一次会议上提出：“喊冤上访的人这么多，到哪里去找一位断案如神的包公呢？”邓小平先已知悉一些老同志提名胡耀邦，此时随即说：“我推荐一个人，胡耀邦，最合适。”12月10日，中央任命胡耀邦为中央组织部部长。
胡耀邦面对的是一个异常艰难复杂的局面。12月19日，在中组部全体干部大会上，他在亮相讲话中就以“积案如山，步履维艰”来形容当时的状况。他说：“我们每向前迈一步，其艰难程度就如同登喜马拉雅山。”但他同时态度坚定地表示：清理和推动这些冤案的解决，是我们义不容辞的责任，不管如何艰难，我们都要“会当凌绝顶”，把所有的大山都搬掉。
他要求要认真做好来访接待工作，认真处理群众来信，努力把党的组织部门建设成为“党员之家”、“干部之家”。他还提出：今后如有蒙冤挨整的老同志来找我，我都要和他们见面谈话，请任何人不要阻拦。凡是信封上写有“胡耀邦”三个字的来信，都请及时送给我，如没有我的同意，任何人不要主动代劳处理，更不能扣压。
胡耀邦主持平反的第一个冤案是西藏自治区原党委副书记、西藏军区副政委王其梅案。王其梅曾任第二野战军18军53师政委，进军西藏先遣支队司令员兼政委，1967年9月被迫害致死。胡耀邦在邓小平指示下，当机立断为王其梅案平反，打开了“六十一人叛徒集团”案的突破口。
所谓“六十一人叛徒集团”案，其实是一个早有定论的案件。上世纪30年代初，国民党反动统治当局先后逮捕了中国共产党在华北地区从事地下工作的许多重要干部，把他们关押在北平草岚子胡同的“北平军人反省院”。他们当中有著名共产党人薄一波、刘澜涛、安子文、杨献珍、赵林、李楚离、廖鲁言、徐子荣、胡锡奎、刘锡五、王其梅等。
这些人在狱中成立了党的组织，和敌人进行针锋相对的斗争。1936年，在全国抗日救亡运动高潮的形势下，中共中央北方局为了开展工作，解决缺乏干部的问题，报请中共中央批准，指示薄一波等61人可以履行敌人规定的手续出狱。对此，中共中央早已有过结论，没有当作问题。但是，“文化大革命”开始后，林彪、康生、江青等人为了篡党夺权的需要，于1967年3月将薄一波等61人定为“叛徒集团”，将他们批斗、监禁、扣押或赶出北京。中央专案组还设立“三六”（即“六十一人叛徒集团”案）专案组进行专案审查。康生甚至说，这是“永远翻不了的铁案钢案”。
对于“六十一人叛徒集团”案，邓小平很早就表示异议。1975年，他在主持中央工作时就在中央政治局会议上说过，61人的问题必须解决，把登“反共启事”的责任归咎于他们是不公道的。但由于“四人帮”的阻挠和破坏，这个问题没有得到解决。
中共中央发出为党和国家一些领导人平反的通知。
对于平反“六十一人叛徒集团”案，胡耀邦态度非常坚决。1977年12月31日，他在中组部部务会议上说，应该把王其梅这个问题加以解决，当作审视“三六”大案的突破口。1978年6月9日，胡耀邦召集中组部干审局干部，布置复查“六十一人叛徒集团”案。他坚定地对干审局的同志说：有些人硬扛着“两个凡是”牌子不放，坚持一错到底。
我们能不能这样说，凡是不实之词。凡是不正确的结论与处理，不管是什么时候、什么情况下搞的，不管是哪一级什么人定的、批的，都要实事求是地改正过来，简单说，就是用“两个不管”的矛，去对付“两个凡是”的盾。
在中组部开始对“六十一人叛徒集团”等重大错案进行复查时，遇到了中央专案领导小组的反对。理由是：这些大案都是毛主席定的，不能翻！不要因为粉碎了“四人帮”，过去定了的案子就要推翻。1978年5月，中央决定将中央专案机构所管的案件及材料全部移交中央组织部。但由于“两个凡是”方针的影响，这项工作被一再拖延。面对这一情况，胡耀邦决定，即使中央专案组不提供材料，也要复查，不怕困难，从头做起。
关键时刻，邓小平表示了坚决支持的态度。1978年6月25日，他在一封关于“六十一人叛徒集团”案的申诉信上批示：“这个问题总得处理才行。这也是一个实事求是的问题”。随后的7月4日，华国锋指示胡耀邦：“六十一人的问题要解决，由中组部进行复查，向中央写个报告。”有了中央领导人给的尚方宝剑，中组部开始组织力量，全力投入这个案件的复查工作。胡耀邦指示，由于此案关系重大，为减少阻力，不宜声张，必须审慎、细致，而且要鼓足干劲，争取在3个月内复查完毕，写出复查结论，在十一届三中全会时拿出方案来。
复查组经过5个多月的艰苦努力，于11月20日正式向中央写了《关于“六十一人案件”的调查报告》，《报告》指出：“根据登‘反共启事’出反省院的问题，定六十一人为叛徒集团，是不正确的。”“在‘文化大革命’中提出的所谓薄一波等六十一人叛徒集团是不存在的，是一个大错案。”
12月16日，也就是十一届三中全会召开的前夕，中共中央正式向全党转发了中央组织部的这个报告，宣布“六十一人叛徒集团”案的问题全部解决。一个多月后，廖鲁言、徐子荣、胡锡奎、刘锡五、王其梅平反昭雪追悼会在全国政协礼堂隆重举行。这个影响重大、案情复杂的大案的昭雪平反，震动了全国，大大加快了纠正冤假错案的进程。
十一届三中全会以后，在党中央的领导下，全国各地大刀阔斧地开展平反冤假错案的工作，形成了全党办案的高潮。邓小平对于这项工作高度重视，始终予以强有力的支持。1978年12月13日，他在中央工作会议闭幕会上讲话，谈到平反冤假错案时强调指出：“我们的原则是‘有错必纠’。
凡是过去搞错了的东西，统统应该改正。有的问题不能够一下子解决，要放到会后去继续解决。但是要尽快实事求是地解决，干脆利落地解决，不要拖泥带水。对过去遗留的问题，应当解决好。”此后两年间，邓小平先后参加了13次追悼会，为53名含冤去世的同志献了花圈。
1980年5月17日，刘少奇同志追悼大会在北京人民大会堂隆重举行。邓小平代表中共中央致悼词。这是刘少奇同志追悼大会会场。
胡耀邦在十一届三中全会上被增选为中央政治局委员，当选为中央纪委第三书记，三中全会后被任命为中央秘书长、中央宣传部部长，这使他在平反冤假错案工作中取得了更大发言权。
随着平反工作的层层展开，我党历史上的最大冤案刘少奇一案提上了日程。
刘少奇是中华人民共和国的开国元勋，是党的第一代中央领导集体的重要成员，为中国革命和社会主义建设建立了不可磨灭的功绩。“文革”中被错误打倒，于1969年11月12日在河南开封含冤去世。刘少奇被打倒后，因此而错受刑事处分的就有2.8万余人，其他受批斗、隔离、关押的更是不计其数。
1978年12月24日，一封要求为刘少奇平反的人民来信送到了邓小平手中。邓小平立即批示：“政治局各同志阅，中组部研究。”在这之前类似的信件也有，但没有得到重视。邓小平的这一批示，把重新考虑刘少奇案的问题提到了中央政治局。此后不久，邓小平又批示中央纪委研究。
据1979年2月22日中央纪委书记办公会议纪要记载：“中纪委办公会议决议：刘少奇问题，群众来信要求予以平反，小平同志要中纪委研究。这两人的问题（按：另一个人指瞿秋白）如何研究，另定。”1979年2月5日，时任国家地质总局局长孙大光致信胡耀邦并党中央，建议重新审议刘少奇一案。2月23日，陈云作出关键性批示：“中央常委各同志已传阅完毕，中央办公厅应正式通知中组部、中纪委合作查清刘少奇一案。”
在邓小平、陈云批示前，胡耀邦已就刘少奇平反问题做了一些准备工作。早在1977年他领导中央党校在起草《关于研究第九、十、十一次路线斗争的若干问题》时，就把刘少奇的“叛徒、内奸、工贼”三顶帽子去掉。并且预见到“这份材料发下去，意见分歧，可能发生在对刘少奇的错误这个问题上，不过不要紧，议论纷纷有好处嘛！”胡耀邦就是要引导来自全国各地的高中级干部学员对刘少奇的问题“议论纷纷”，重新思考。
1978年12月28日，他到中央党校向第二期学员传达十一届三中全会精神时说：“有同志讲，刘少奇那个‘叛徒、内奸、工贼’算数不算数？这我还讲不清楚，因为我没有看材料，我估计不可靠，大体上不可靠。”通过这种方式巧妙地把要为刘少奇复查平反的信息透露给来自全国各地的高中级干部。
此前的1978年11月，在《关于“六十一人案件”的调查报告》写出不久，胡耀邦就问中组部干审局的贾素萍：“六十一人”的问题终于搞清楚了，你们认为刘少奇的问题怎么样？贾素萍立即回答说：这更纯粹是个大冤案！胡耀邦说：那好，你们写个材料来我看看。1979年1月，贾素萍等人给胡耀邦送去他们经过调查写成的《关于刘少奇同志问题的调查报告》。
胡耀邦多次与贾素萍等商量修改，改好后由他报送中央，建议为刘少奇平反。同年1月下旬，胡耀邦在家中接待王光美和刘源、刘婷时说：“少奇同志的案子是党的历史上最大的冤案，这个案子是一定要平反的。我们复查不能像‘四人帮’那样，随心所欲想怎么说就怎么说，要逐一逐条地反驳，还少奇同志以清白。”听了胡耀邦的话，王光美和子女都激动得流泪了。
1979年3月，中央正式决定由中央纪委、中央组织部合作查清刘少奇一案。4月18日，刘少奇案件复查组成立。胡耀邦直接领导了复查工作。复查组经过10个月周密的调查研究，反复核对各种材料，用可靠的事实逐条否定了强加给刘少奇的罪名。1980年2月，党的十一届五中全会上，一致通过《关于为刘少奇同志平反的决议》。刘少奇冤案的解决，对全国平反冤假错案的工作是一个巨大的推动。
经过全党上下的共同努力，到1982年底，平反冤假错案的工作基本完成。全国平反、纠正了约300万名干部的冤假错案。平反冤假错案的工作，凝聚和鼓舞了人心，为党的十一届三中全会胜利召开、实现党和国家工作重点转移、迎来改革开放的春天，奠定了组织基础。
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