但是她最终魂归何处，仍然是一个谜！
有一种说法是:吴三桂占领云南后，欲将立正妃，可见当时吴三桂对陈圆圆的宠爱。可是，陈圆圆不知何故，拒绝了。于是吴三桂只能另外娶妻。不曾想，这位正妃入门后，对陈圆圆心有歹意，几次想陷害陈圆圆。幸而，陈圆圆都化险为夷。于是陈圆圆独自一人搬至别院。陈圆圆到了别院以后，逐渐被失宠。此后伤心的陈圆圆削发为尼，从此在五华山华国寺长斋绣佛。当吴三桂死后，陈圆圆也是自沉于寺外的莲花池，后葬于池侧。
还有一种说法，陈圆圆跟吴三桂去云南以后，一直得到吴三桂的专宠，当昆明城破以后，陈圆圆自缢而死，这种说法在孙旭的《平吴录》以及《平滇始末》均有记载。
当然还有说法，当吴三桂兵败云南后，陈圆圆出家当了尼姑。在昆明宏觉寺削发为尼，后逃到城西三圣庵为尼，法名寂静。一直活到康熙二十八年之后，一共活了80岁，衰老死亡。
当然，有人说，陈圆圆与吴三桂有后代，不可能出家，昆明城破以后，吴三桂的将领护送陈圆圆及孩子逃到贵州恩州，从此在此定居。陈圆圆母子一直在这里隐姓埋名，死后葬于此。
当然不管哪一种说法，都没有十足的证据，很多种理由只是民间为了神话，陈圆圆的凄美爱情，或者为了一个归宿而编排上去的。真实的历史是怎么样的，只能任由后人判断了。
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