晚清时期，中国政府的腐败问题严重，但令人意外的是，晚清海关却成为了中国唯一廉洁的机构。究其原因，主要有以下几点。

晚清海关拥有独立自主的权力。与其他政府部门依附于官僚体系不同，晚清海关享有相对独立的管理权，不受官员的干预，可以更加有效地打击腐败。这种独立自主的特性使得海关能够自行决策，并对任何不合规的行为进行调查和处罚。

晚清海关实行科学的管理制度。晚清时期，海关总署制定了一系列合理的管理制度，包括收入管理、人事管理等方面的规章制度。这些制度的有效实施，使得海关内部的管理更加高效、透明，减少了腐败行为的发生。

晚清海关注重选拔人才。海关重视选拔具备专业知识和素质的人才，不拘泥于官员的身份背景。这种选拔机制控制了特权阶层对海关的影响，打破了官宦士大夫垄断海关职务的局面，为海关的廉洁提供了坚实的基础。

晚清海关运用现代化手段进行管理。在当时，海关在运营和管理方面采用了一些先进的技术手段，比如提前进行清关预报、精确核算税收等。这些现代化手段的应用，使海关工作更加规范、高效，减少了人为因素导致的腐败风险。

晚清海关成为晚清中国唯一廉洁的机构，主要得益于其拥有独立自主的权力、科学的管理制度、注重选拔人才和运用现代化手段进行管理。这一特殊现象不仅为我们提供了一个可借鉴的经验，也向我们证明了，只要拥有正确的管理理念和有效的管理制度，就能够有效地防止和打击腐败。