1. 公司制企业和合伙企业在法律上的定义和性质不同。公司制企业是指以出资为目的、设立有限责任公司、股份有限公司等组织形式的企业，其出资人和经营管理人分离。合伙企业则是指由两个或两个以上自然人或法人共同出资、共同经营、共同分配利润、共同承担债务的企业。

2. 公司制企业和合伙企业的出资方式和股权结构也存在明显差异。在公司制企业中，出资人以购买股票的形式进行出资，并持有相应的股权份额，从而获取相应的股息和股份价值。而在合伙企业中，出资人以拥有或出资的财产或工作业绩等方式进行出资，同时享有一定的管辖权力，但不享有股权份额和股息收益。

3. 公司制企业和合伙企业的税收负担也不同。对于公司制企业，其利润按照法定税率缴纳所得税，而个人持有该企业股份所得的股息则需要缴纳个人所得税。而对于合伙企业，则不存在企业层面的纳税义务，其利润按照合伙协议所规定的比例分配给各合伙人后，由各自承担相应的个人所得税负担。

4. 公司制企业和合伙企业在股东或合伙人的责任承担上也有所不同。对于公司制企业，由于出资人和经营管理人分离，因此其对企业债务的责任仅限于其出资额度。而对于合伙企业，各合伙人对企业债务承担连带责任，其责任承担范围不受出资额度的限制，甚至可能承担无限连带责任。

总而言之，公司制企业和合伙企业在企业性质、出资方式和股权结构、税收负担和责任承担等方面存在较大差异。企业选型应根据企业经营目标、管理机制和风险控制等因素进行综合考量，选择最适合自身的企业形式。