1. 您可以前往南京市住房公积金管理中心，向工作人员咨询办理还清证明的具体流程和所需材料。

2. 在进行办理前，先准备好需要提供的材料。通常情况下，需要准备的资料包括申请表、身份证明等文件。

3. 填写完申请表之后，将材料交到相关工作人员手中，工作人员核实材料无误之后，会给您开具一份还清证明。

4. 在开具证明的同时，工作人员也会在系统中将您的公积金账户的借贷信息进行更新，确保您的公积金账户上显示为已还清。

5. 注意，在进行公积金贷款还清后，建议尽快开具还清证明，这样可以大大降低您贷款还清后遗留下的后顾之忧。

总之，办理南京市公积金贷款还清证明，最重要的是要提供清晰准确的材料和信息，并在办理结束后及时核对还清证明的内容，避免后续发生因还清证明有误而产生诸多不必要的麻烦和后顾之忧。