1769年3月，杰斐逊被家乡阿尔贝马尔县选为弗吉尼亚殖民地下议院议员。此时北美殖民地与英国的矛盾已日益激烈，为了加强殖民地之间的联系，更好地开展斗争，各殖民地相继建立起了通讯委员会。1773年4月，弗吉尼亚通讯委员会成立，由11人组成，杰斐逊为发起人和最早的委员之一。同年12月，“波士顿倾茶事件”爆发，愤怒的英国政府决定对北美殖民地进行报复。
当英军封锁波士顿港口的消息传到弗吉尼亚时，杰斐逊等人在雷利酒店集会，发表《告人民书》，号召人们采取行动；并倡议召开大陆会议，即“由各殖民地指派代表，每年在被认为是最方便的地方开一次总的会议，在会议上商讨美利坚利益联合时需要的那些措施”。1774年5月，第一届大陆会议在费城召开，会议向英王递交了一份橄榄枝请愿书，要求英国政府取消对殖民地的限制和强制法令，并决定抵制英货。
此时，在殖民地大多数人心目中还没有独立的思想，为唤起民众的独立意识，同年，杰斐逊的《英属北美权利概论》出版。在书中，杰斐逊认为美洲殖民地应享有与英国自由居民同等的权利，因为他们在移民美洲前是自由居民，享有自然赋予的一切权利，包括寻求新聚居地和在那里建立新社会的权利。所以，一旦他们移居美洲，就不再给予英国对他们进行统治的权利了。
他在书中还抨击了英王对北美奴隶制度的纵容，列举了英国议会对北美的一系列暴政，提出了鲜明的美洲独立的思想。由于文笔优美，逻辑严谨。极富说服力和感召力，故该书在北美和英国一版再版，不仅在13个殖民地风行，还使得作者杰斐逊名声大振，成为美利坚民族的代表性人物和民族权利的捍卫者，赢得了北美人民的普遍信任。两年后，他成了起草《独立宣言》的当然人选。
随着英国政府对北美殖民地压制的加强，独立的意识在整个美洲大陆上蔓延。1775年4月，列克星顿的枪声最终揭开了北美独立战争的序幕。同年5月，第二届大陆会议在费城召开，32岁的杰斐逊作为候补代表参加了会议。在会上，主张脱离英国的独立派和反独立派斗争十分激烈，杰斐逊在会上呼吁人们团结起来，摆脱英王的统治。
会议最终决定与英国开战，并为此组建了一支大陆军，由乔治·华盛顿担任总司令。由于杰斐逊在会议前两个月所起草的文件中发挥了至关重要的作用，同时代表们也看到了他的文学才能和对北美事业的热爱，因此在这年8月他被选为大陆会议的正式代表。
大陆会议在讨论独立问题时，由于两派相持不下，不得不决定延期至1776年7月1日再表决。同时为了节约时间，会议决定先成立一个委员会，提前起草一份关于独立的宣言，作为备用。起草《独立宣言》的成员确定为5人，他们分别是本杰明·富兰克林、约翰·亚当斯、托马斯·杰斐逊、罗杰·薛尔曼和罗伯特·利文斯顿。
由于杰斐逊的写作才能是5人中最出色的，同时他又是弗吉尼亚的代表（弗吉尼亚殖民地因在与英国的斗争中一直走在最前列，故在北美人民心中享有很高的威望），因而大家决定由他来执笔。经过近半个月的反复推敲和修改，6月28日他将《独立宣言》递交给了大陆会议。经过修改和激烈辩论，《独立宣言》于1776年7月4日正式获得通过，其全称为《美利坚合众国13州之共同宣言》。
大陆会议决定在7月 日公开发表《独立宣言》。当这一天到来时，约有3000多名群众聚集在宾夕法尼亚地方议会的院子里聆听了宣言，并报以热烈的欢呼。在此后的数天里，《独立宣言》陆续在各殖民地和大陆军宣读，都得到了热烈的回应。纽约市的群众甚至把英王乔治三世的铸像掀倒在地，把砸碎的铅制成枪弹以供大陆军使用。在其他地方，英王的模拟像、英国皇家军队的标志也都被群众一一烧毁或拆除。《独立宣言》的发表，使美国通过军事手段争取独立的行动有了法律上的依据，也彻底切断了与英国和解的可能性。
《独立宣言》不仅是美国革命的纲领性文件，也是杰斐逊思想的结晶。在宣言中他把自己过去所学的有关法律、政治、历史的知识，古希腊、罗马关于自由的观念和17～18世纪英法的启蒙思想都囊括其中。它宣布：“在有关人类事务的发展过程中，当一个民族必须解除其和另一个民族之间的政治关系。并在世界各国之间依照自然法则和上帝的旨意，接受独立和和平的地位时，出于对人类舆论的尊重，必须把他们不得不独立的原因予以宣布。”
它列举了约25种英王的罪状，如“他曾拒绝批准为公共福利所必需的法律”、“不得我们的同意，即向我们征税”等，然后宣告北美13个殖民地脱离英国成为自由独立的国家。同时，宣言还继承了洛克的“天赋人权”思想，指出：“我们认为下面这些真理是不言而喻的：人人生而平等，造物者赋予他们若干不可剥夺的权利，包括生存权、自由权和追求幸福的权利。”
宣言作为一个为唤起民众而写的历史性文献，明确地指出了美洲殖民地脱离宗主国的理由。它不仅宣告了一个新国家的诞生，而且阐明了一种关于人类自由的理念，即个人的自由、尊严是不容侵犯的，世界上的每一民族无论大小，都应享有平等、独立的地位。《独立宣言》所揭示的这一观念，使普通美国人认识到自身的重要性，对激发他们参加美国的独立事业起了重要的作用。
直到1784年，《独立宣言》才在美国的报纸上正式发表。在独立战争即将结束时，人们才知道这个历史性文件的执笔人是他们熟悉的托马斯·杰斐逊。而杰斐逊本人也将《独立宣言》看作他一生中三个最重要的成就之一。
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