雍和宫旧址原为明代内官监官房，到清代怎么会成为亲王府呢？清朝政府有一种分府的封建制度，皇帝的儿子到一定年龄受封爵号后，就得由皇宫阿哥所即皇子的住处迁入新府，住入北京城里新建的王公府内，这就叫做“册封分府”。清康熙三十二年，后来的雍正皇帝胤禛被封为贝勒，明代内官监官房成为皇四子胤禛的府邸。
康熙四十八年，胤禛在皇子的斗争中脱颖而出，被晋封为“和硕雍亲王”，爵号的等级由第三级的贝勒提升到第一级的亲王，亲王是皇帝近支亲脉，“多罗贝勒府”也由此改名为“雍亲王府”。按照清朝政府有关亲王府建筑形制的规定，雍亲王府进行了大规模的扩建。康熙六十一年，胤禛登基后，亲王府作为行宫改称雍和宫，便列入“龙潜禁地”。
l735年，雍正帝暴卒，弘历继承帝位，是为乾隆皇帝。鉴于雍正帝登基前在雍和宫居住30年，乾隆帝将梓宫供奉在雍正帝生前寝殿永佑殿。移棺前，昼夜加工，将昭泰门、雍和门、雍和宫正殿、永佑殿、法轮殿等处，改为黄色琉璃瓦。乾隆九年，雍和宫正院改为喇嘛庙。
乾隆皇帝为什么将父亲的宅邸改为喇嘛庙呢？为什么不即位就改，而在即位九年时才改呢？
乾隆帝之所以将雍和宫改为喇嘛庙，按他在《喇嘛说》碑文中所述，目的有二：其一是因为蒙古和西藏等地盛行佛教，其二是喇嘛教又最为盛行，不可不保护。这倒有点像我们今天的民族宗教政策，事实上是这样的吗？历史学家们认为，乾隆帝把雍和宫改成喇嘛庙的原因是多方面的。
一方面是为缅怀过去，表示对父亲的思念和一片孝心。乾隆皇帝在宫改庙的碑文中写道，自从雍正皇帝灵柩安葬之后。在雍和宫就供奉着他的影像，每年都要去参拜，作为皇位的继承人，对于龙潜禁地雍和宫，乾隆帝自然不敢玷污其圣名而辟作他用。但是如果长久闲置下去，他也担心不足以表达对父亲的追忆和怀念。
在唐宋年代，有把先帝的住所改为宗庙宫祠的先例，这对乾隆帝是一个启发。再则，雍正帝生前自号破尘居士，又称圆明居士，时常跟十四世章嘉呼图克图和弘素等僧侣来往，并以“不着僧服的居士”自称，晚年一心炼丹寻求长生之术。乾隆帝考虑到先帝生前信奉喇嘛教，因此把雍和宫改成喇嘛庙，选高行梵僧居此，晨钟暮鼓，唱诵朗朗，以此表示对先帝的崇奉与缅怀，既高洁，又庄严隆重。这些大概是乾隆皇帝把雍和宫改为喇嘛庙的初衷。
有人认为，将宫改庙这其中还有乾隆帝笃信佛理、虔诚向佛的原因。乾隆皇帝从小就受到藏传佛教的薰陶，少年时与第三世章嘉活佛一起读书，以后交往甚密，及至他当了皇帝以后，主动要求修习藏传佛教密宗。他在皇宫请章嘉活佛传授入乘灌顶法，要求传授本尊神胜乐灌顶法，乾隆皇帝还坚持学习藏传佛教知识。
史料记载，乾隆皇帝修习藏密的信念十分坚定，在《章嘉若必多吉传》中记载，乾隆帝在学习时，竟将自己的坐垫收起，跪在地上顶礼章嘉国师之脚，乾隆皇帝信奉藏传佛教的程度由此可见一斑。由于信奉藏传佛教，他在故宫、颐和园建起多座喇嘛寺院和佛堂，并朝朝暮暮焚香祈拜。至于他如何想起把雍和宫改成喇嘛庙，相传。乾隆帝曾经向章嘉活佛详细询问佛教在西藏的发展情况、怎样出家以及讲习佛法的寺院是如何形成的等等一系列问题，章嘉活佛对此一一作了详尽的回答。
乾隆帝认为，佛教之所以能够在西藏长时期内得到发展，全部取决于寺庙。如果能建造一座修习经卷的大寺，将会有益于佛教的流传。此后不久，在章嘉活佛的策划下，这一工程很快动工了，并得到了国库拨款，上面这些史料，说明乾隆皇帝由于信奉佛教而引发了他对藏传佛教发展的关心，应该是将雍和宫改庙的一个原因。
然而乾隆皇帝既然从小就虔诚信仰佛教，却为什么在即位后九年才提出宫改庙呢？这其中是否还有更重要的原因呢？
史学家们综合分析当时清廷内外的形势认为，乾隆帝自己所说的治国安边。怀柔蒙藏少数民族，实现民族团结，维护国家安定才是将雍和宫改作喇嘛教寺庙的最主要的原因，即位后九年才提出宫改庙也是出于形势所逼。
清王朝立国伊始，历辈执政者都十分重视藏传佛教，特别是其中的黄教。如顺治帝正式册封五世达赖为“西天大善自在佛所领天下释教普通瓦赤喇怛喇达赖喇嘛”，并赐金册金印；康熙即帝位后，册封五世班禅大师为“班禅额尔德尼”，并赐金印；雍正帝也一直使用这样策略，扶植了达赖七世，事实证明，这种方式基本上是成功的。
雍正十三年（1735年）十月，雍正帝突然暴毙，乾隆匆匆忙忙即位，事情仓促得以致连停灵之所及陵墓都未准备。当时朝廷内部矛盾重重，百废待兴，西北边疆准噶尔部作乱，乾隆帝当然没有精力顾及宗庙之事。至于对西藏的治理，只能沿袭父皇雍正帝的规章，稳住当时的藏王颇罗鼐，密切与七世达赖喇嘛的关系，以维持西藏的安定。
但事实上，当时的西藏并不稳定。自顺治帝册封五世达赖喇嘛、康熙帝册封五世班禅大师以后，佛教上层对朝廷忠顺向化。然五世达赖喇嘛始，只重经学，不乐亲政，而且将行政权和军权分开，以致西藏政界上层时常发生摩擦，争权夺位，甚至发生过擅立达赖喇嘛之事。从1682年五世达赖喇嘛圆寂，到1735年雍正帝命七世达赖返回拉萨，50多年里，西藏政界上层争斗频繁，影响国家安定统一。
1735年七世达赖喇嘛返回拉萨以后，禅、政之间仍然不相合。在这种形势下，为了掌握治藏的主动权，乾隆帝当然要在充分依靠佛教上层方面有所作为，而在京都建一座朝廷直接掌管的喇嘛庙，对于佛教治藏来说，恰似禾苗得雨、顺水行舟。1744年，乾隆帝已执政九年，内部政通人和，西北边疆形势安定，处理西藏事务的时机已经成熟，于是形成把龙潜禁地雍和宫改为喇嘛庙的机缘。从以后事态发展上看，也证明了这一点。
清廷通过改宫为寺，加强了与西藏佛教上层人士的沟通，借机平息叛乱，反击尼泊尔的入侵，派遣军队入藏，击退入侵军队，提高了中央威信。在宗教贵族的支持下，设置驻藏大臣，1751年顺利制定和实施《酌定西藏善后章程》，废除了藏王制，由七世达赖喇嘛总揽西藏政教事务，与清朝驻藏大臣共治西藏。这些措施的施行，使西藏一直处于中央政府的有效控制之下。所以说雍和宫改为喇嘛庙，无疑是朝廷与西藏上层进行感情沟通的中间环节，从而对加强民族团结，维护国家统一起纽带作用。
除此之外，关于乾隆帝为什么把其父雍正帝的府第改为喇嘛庙还有另外一种说法，即赎罪说。传说康熙朝期间，各皇子之间的皇位之争非常激烈。当时的皇四子胤禛即后来的雍正帝心胸狭窄，生性多疑，为争夺皇位，他不择手段地铲除异己。他在自己的行宫即雍和宫内训练了一批武功盖世但杀人如麻的杀手，因这些杀手所用武器均是一种名叫“血滴子”的来自西域的兵器，所以被称为“血滴子”杀手团。胤禛运用这些杀手残杀权臣，弑兄屠弟，终于在1722年康熙帝驾崩后，荣登大宝。
乾隆帝即位后不满其父严政，代之以宽政，同时对其父雍正朝的一些案件进行纠错。为弥补父“谋反、逼母、弑兄、屠弟”等滔天罪行，故而将雍和宫改为喇嘛庙。
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